La question n’est donc pas seulement de savoir combien de biogaz une installation produit. Il faut regarder ce qui produit réellement ce biogaz, quelle quantité d’énergie reste disponible après les besoins du procédé, ce qu’il advient des éléments contenus dans les MIATE et, surtout, quelle valeur agronomique est définitivement détruite par l’incinération.
Méthanisation des boues d’épuration : toutes les installations ne sont pas comparables
Les digesteurs directement intégrés aux stations d’épuration constituent un cas particulier. Ils reçoivent généralement des boues fraîches et humides dans une installation conçue spécifiquement pour leur traitement. Certaines STEP peuvent ainsi méthaniser leurs propres boues sans apport de matière extérieure.
Cette situation ne doit pas être transposée directement aux unités extérieures recevant des MIATE déshydratées, transportées et parfois déjà partiellement stabilisées.
Le potentiel méthanogène dépend en effet de la quantité de matière organique encore biodégradable. Plus la fraction minérale ou déjà stabilisée est importante, plus la quantité de matière réellement transformable en méthane diminue par tonne de matière sèche traitée.
Dans les unités territoriales ou de codigestion recevant des MIATE déshydratées, l’ajout de matières plus fermentescibles peut être recherché pour augmenter la production de biogaz, équilibrer la ration et améliorer les performances du digesteur.
Il faut donc distinguer le biogaz réellement imputable aux MIATE de celui produit grâce aux autres matières introduites dans le méthaniseur.
C’est un point essentiel : lorsqu’une installation reçoit simultanément des MIATE et des substrats fortement méthanogènes, présenter l’ensemble du biogaz obtenu comme une « valorisation énergétique des boues » peut donner une image exagérée de leur contribution énergétique propre.
Méthanisation des MIATE : regarder l’énergie nette, pas seulement le biogaz
La diversité des installations interdit de résumer la filière à un schéma unique du type :
méthanisation → séchage → incinération.
Après digestion, plusieurs voies de traitement thermique sont possibles. Les digestats peuvent être déshydratés puis introduits sous forme pâteuse dans des fours dédiés, être dirigés vers des unités de co-incinération avec d’autres déchets ou faire l’objet d’un séchage plus poussé.
Les boues séchées peuvent également être transformées en granulés et utilisées comme combustible de substitution, notamment en cimenterie.
Dans certains fours dédiés, les boues peuvent au contraire être introduites directement sans passer par une étape préalable de séchage thermique.
Le séchage ne doit donc pas être présenté comme une étape systématique. Ce qui importe est de considérer l’ensemble de la chaîne réellement utilisée par chaque installation, depuis la digestion jusqu’au devenir final du digestat.
Une comparaison énergétique sérieuse doit ainsi intégrer les consommations du méthaniseur, de la déshydratation ou du séchage lorsqu’il existe, du traitement thermique, du traitement des fumées ainsi que du transport des matières et des résidus.
L’indicateur pertinent n’est donc pas simplement le nombre de mètres cubes de biogaz produits, mais l’énergie nette réellement disponible ou exportée par tonne de matière sèche de MIATE traitée.
Incinération des MIATE : une perte définitive de matière organique
La méthanisation transforme une partie de la matière organique biodégradable en biogaz, constitué principalement de méthane et de CO₂. Une partie importante du carbone organique quitte donc déjà la matière au cours de cette étape. La fraction minérale et une partie de la matière organique restent, elles, présentes dans le digestat.
Lorsque le biogaz est valorisé énergétiquement, la combustion du méthane conduit à son tour à la formation de CO₂. Si le digestat est ensuite incinéré, le carbone organique résiduel est également oxydé et principalement rejeté dans l’atmosphère sous forme de CO₂, tandis qu’une partie des éléments minéraux se retrouve dans les cendres et les résidus du traitement des fumées.
L’incinération permet donc une réduction importante de la masse et du volume à gérer, mais elle ne fait pas disparaître la matière : elle transforme notamment une grande partie du carbone organique restant en CO₂ atmosphérique.
Surtout, elle rend irréversible la destruction de la matière organique qui aurait pu être restituée aux sols et participer à l’entretien de leur stock de carbone organique.
C’est là que se situe une différence fondamentale avec le compostage : le compostage conserve une fraction du carbone sous forme de matière organique destinée au retour au sol, là où l’incinération achève la minéralisation de la fraction organique résiduelle et transfère l’essentiel de son carbone vers l’atmosphère.
Incinération des boues : quels rejets atmosphériques ?
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La destruction thermique ne supprime pas tous les enjeux environnementaux : elle en déplace également une partie vers les fumées et les résidus issus de leur traitement.
Les installations modernes d’incinération sont aujourd’hui soumises à des normes et à une surveillance beaucoup plus strictes qu’autrefois. Les dioxines et les furannes font notamment l’objet de valeurs limites d’émission et de mesures spécifiques. La réglementation française fixe une valeur limite de 0,1 ng/m³ pour les dioxines et furannes dans les rejets atmosphériques des installations concernées.
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Cette surveillance n’est pas anodine. La France a connu par le passé des contaminations importantes liées à des incinérateurs insuffisamment maîtrisés. Le cas de Gilly-sur-Isère, en Savoie, reste emblématique : l’installation a été fermée en 2001 après la mise en évidence de rejets très élevés de dioxines, qui avaient entraîné une contamination de productions agricoles autour du site et des mesures d’abattage de cheptels.
Mais la question du contrôle des émissions et des résidus ne relève pas uniquement de l’histoire ancienne.
À Strasbourg, le site industriel Blue Paper exploite notamment un co-incinérateur dans lequel les boues de sa propre station d’épuration sont brûlées avec de la biomasse. Lors d’une inspection réalisée en 2024, la DREAL Grand Est a relevé que des teneurs anormalement élevées en PCB indicateurs avaient été mesurées dans les fumées de ce co-incinérateur de boues : 55,2 ng/m³ puis 32,6 ng/m³ en 2023, alors que l’ordre de grandeur habituellement constaté sur le site était de quelques ng/m³. Des mesures réalisées en 2024 ont encore atteint 21,4 et 22,8 ng/m³, leur origine restant alors inexpliquée.
Ces constats ne permettent évidemment pas de généraliser à l’ensemble des installations actuelles, dont les technologies de traitement des fumées, les normes d’émission et les dispositifs de contrôle ont considérablement évolué. Ils montrent en revanche que la performance environnementale d’une filière d’incinération ne peut pas être appréciée uniquement à travers la disparition de la matière entrante ou l’énergie produite.
Le traitement des fumées, la surveillance effective des émissions atmosphériques, mais aussi la gestion des cendres et des autres résidus doivent être intégrés au bilan environnemental global.
Valorisation agricole des boues : ce que l’incinération fait perdre
Le compostage contrôlé de MIATE conformes poursuit une autre logique : stabiliser la matière et produire un amendement organique susceptible de restituer aux sols de la matière organique ainsi que des éléments fertilisants.
Ces apports remplissent deux fonctions différentes.
La première est fertilisante, par l’apport notamment d’azote, de phosphore et de potassium.
La seconde est amendante : la matière organique participe à la structure du sol, à son fonctionnement biologique, à sa capacité à retenir l’eau et au maintien de son stock de carbone organique.
Un engrais minéral peut remplacer une partie des éléments fertilisants perdus.
Il ne peut pas remplacer la matière organique détruite.
C’est pourquoi une tonne de MIATE orientée vers l’incinération ne doit pas seulement être évaluée en fonction de l’énergie qu’elle permet éventuellement de produire. Il faut également comptabiliser les matières fertilisantes et amendantes qui ne retourneront plus au sol et les intrants nécessaires pour les remplacer.
L’enjeu est loin d’être marginal à l’échelle française.
En 2023, les stations d’épuration françaises ont produit environ 1,1 million de tonnes de matière sèche de boues. Environ 50 % ont été orientées vers des plateformes de compostage, soit près de 550 000 tonnes de matière sèche.
Le tonnage de compost fini ne peut toutefois pas être déduit directement de cette quantité de matière sèche. Il dépend notamment de la siccité des boues à l’entrée du procédé, de la quantité de déchets verts structurants incorporés, des pertes de matière organique au cours du compostage et de l’humidité résiduelle du produit final.
À partir des ratios techniques disponibles sur le compostage des boues, un ordre de grandeur de 1,5 million de tonnes de compost fini par an apparaît comme une hypothèse prudente et cohérente pour évaluer leur retour agronomique aux sols.
1,5 million de tonnes de compost : quelle valeur agronomique ?
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À partir de ratios agronomiques représentatifs utilisés à titre d’illustration, 1,5 million de tonnes de compost retournées aux sols peuvent représenter environ :
• 150 000 hectares de cultures amendées ;
• 22 500 tonnes d’azote ;
• 22 500 tonnes de phosphore ;
• 9 000 tonnes de potasse.
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Ces ordres de grandeur ne traduisent pas une disponibilité immédiate et intégrale de ces éléments pour les cultures. Ils illustrent cependant l’importance de la quantité de matière organique et d’éléments fertilisants recyclés vers les sols agricoles grâce au compostage des boues.
Ces chiffres permettent de matérialiser ce que signifie la disparition d’une filière de retour au sol à grande échelle.
Les éléments fertilisants qui ne sont plus apportés par les composts agricoles doivent être compensés par d’autres sources. Cela peut signifier davantage de recours aux engrais minéraux, notamment aux engrais azotés de synthèse.
Mais les engrais minéraux ne remplacent qu’une partie de la fonction agronomique du compost : ils peuvent apporter des éléments fertilisants, mais pas restituer aux sols la matière organique perdue.
Une autre objection consiste alors à considérer que cette matière organique pourrait être remplacée par d’autres amendements organiques, notamment les effluents d’élevage.
Le fumier peut-il réellement remplacer ce compost ?
On pourrait objecter que cette perte pourrait être compensée par davantage de fumier d’élevage, afin de limiter le recours aux engrais minéraux de synthèse. Les ordres de grandeur montrent toutefois les limites d’un tel raisonnement.
Prenons l’exemple d’un fumier bovin sur aire paillée contenant en moyenne environ 5,9 kg d’azote, 2,7 kg de P₂O₅ et 8,5 kg de K₂O par tonne. Dans les ordres de grandeur présentés précédemment, les 22 500 tonnes de phosphore sont exprimées en équivalent P₂O₅.
Pour apporter une quantité équivalente avec du fumier bovin, il faudrait ainsi mobiliser de l’ordre de 8,3 millions de tonnes de fumier.
À titre d’illustration, en retenant une production de l’ordre de 15 tonnes de fumier compact par UGB et par an, un élevage laitier d’environ 100 vaches peut représenter de l’ordre de 1 500 tonnes de fumier par an lorsque les animaux sont maintenus en bâtiment toute l’année.
Pour atteindre les 8,3 millions de tonnes de fumier nécessaires dans notre comparaison, il faudrait donc mobiliser l’équivalent de la production annuelle de plus de 5 500 élevages de 100 vaches, soit plus de 550 000 vaches laitières.
Il ne s’agit évidemment que d’un ordre de grandeur : la production réelle de fumier varie selon le système d’élevage, le temps passé au bâtiment, le type de logement et la quantité de litière utilisée. Mais l’échelle du besoin est, elle, très concrète : remplacer cette seule ressource compostée supposerait de mobiliser plusieurs millions de tonnes d’une autre matière organique déjà utilisée par l’agriculture.
À l’échelle d’une parcelle, le fumier peut donc naturellement remplir à la fois une fonction fertilisante et amendante.
Le problème se pose à l’échelle nationale : cette ressource est déjà produite, utilisée et recyclée sur d’autres terres agricoles.
La mobiliser pour remplacer les composts de MIATE ne créerait pas plusieurs millions de tonnes supplémentaires de matière organique ; elle déplacerait essentiellement une ressource existante d’un territoire ou d’une parcelle vers un autre.
Le raisonnement ne doit donc pas être uniquement :
« Combien d’énergie peut-on récupérer en détruisant cette matière ? »
mais également :
« Le bénéfice énergétique obtenu compense-t-il réellement l’énergie consommée, les résidus produits et la valeur agronomique définitivement perdue ? »
PFAS dans les boues d’épuration : traiter les flux contaminés, pas tous les MIATE
La question des PFAS doit évidemment être intégrée à cette analyse.
Ni le compostage ni la méthanisation ne constituent des procédés destinés à détruire ces molécules. À l’inverse, des traitements thermiques réalisés dans des conditions suffisamment sévères peuvent permettre leur destruction.
Mais « incinérer » ne signifie pas automatiquement « détruire intégralement les PFAS ».
La performance dépend notamment des températures atteintes, des temps de séjour, des conditions de combustion et de la maîtrise des différents flux sortants.
Il faut surtout éviter de raisonner comme si toutes les MIATE françaises présentaient le même niveau de contamination.
Les connaissances disponibles montrent au contraire une forte hétérogénéité géographique et une contribution importante de sources industrielles identifiables.
En avril 2025, l’association Générations Futures a ainsi publié une cartographie établie à partir des données recueillies par les DREAL auprès de près de 2 700 installations classées. Elle a identifié 225 sites industriels présentant des rejets ou des indicateurs de présence de PFAS significatifs, dont 145 sites directement responsables de la majorité des émissions vers le milieu naturel ou les stations d’épuration.
Elle montre en revanche que les niveaux de contamination ne sont pas uniformément répartis sur le territoire et qu’une partie importante des sources industrielles à l’origine de ces émissions peut être identifiée.
La réponse logique consiste donc à analyser les boues, à assurer la traçabilité des flux et à écarter du retour au sol les matières dont la qualité ne permet plus une valorisation agricole sûre.
Pour ces flux contaminés, l’incinération ou d’autres traitements adaptés ont toute leur légitimité.
Mais utiliser l’existence de contaminations importantes pour justifier l’incinération généralisée de MIATE conformes conduirait à supprimer indistinctement une filière de recyclage agronomique qui représente aujourd’hui une part majeure de leur gestion en France.
PFAS : une réponse politique compréhensible, mais qui ne doit pas faire oublier la politique des sols
La question des PFAS ne peut pas non plus être séparée du contexte politique dans lequel les décisions actuelles sont prises.
L’épisode des Ardennes l’illustre particulièrement bien.
À l’été 2025, plusieurs communes des Ardennes et de la Meuse ont été confrontées à des niveaux particulièrement élevés de PFAS dans l’eau potable. Parmi les pistes étudiées figurait notamment l’impact d’épandages historiques de boues issues de l’industrie papetière, sans que l’origine exacte de l’ensemble de la contamination puisse alors être définitivement établie.
La réaction des pouvoirs publics a été rapide.
Le 26 septembre 2025, la préfecture des Ardennes a suspendu l’épandage et le stockage de boues et de digestats issus notamment des stations d’épuration et d’installations classées sur les aires d’alimentation et périmètres de protection des captages concernés.
Cette réaction est compréhensible au regard des enjeux sanitaires et de la nécessité de restaurer la confiance après plusieurs alertes environnementales.
Mais une politique construite à la suite de contaminations importantes ne doit pas conduire à assimiler progressivement toutes les MIATE à des déchets devant être détruits, indépendamment de leur origine, de leurs analyses et de leur conformité.
Cette question est d’autant plus importante que la France défend parallèlement une politique ambitieuse de maintien du carbone dans les sols.
L’initiative internationale « 4 pour 1000 », lancée par la France lors de la COP21 en 2015, repose précisément sur le développement du stockage de carbone dans les sols et sur une gestion des terres permettant d’améliorer leur résilience.
Il existe donc une tension entre deux objectifs environnementaux pourtant légitimes : d’un côté renforcer la sécurité sanitaire et empêcher le retour au sol de matières réellement contaminées ; de l’autre préserver les apports de matière organique nécessaires au maintien du carbone et de la fertilité des sols.
Ces objectifs ne sont pourtant pas incompatibles.
La réponse consiste à caractériser les flux, identifier les contaminations et écarter les matières problématiques, plutôt qu’à supprimer indistinctement le retour au sol de toutes les MIATE.
Réutilisation des eaux usées : une différence de traitement à interroger
Cette réflexion apparaît encore plus clairement lorsqu’on la compare à la politique menée sur l’eau.
Face aux tensions croissantes sur la ressource, la France souhaite fortement développer la réutilisation des eaux usées traitées pour l’irrigation agricole.
Or les PFAS ne se concentrent pas exclusivement dans les boues.
Depuis septembre 2025, l’État impose aux stations d’épuration urbaines d’au moins 10 000 équivalents-habitants une campagne de recherche des PFAS dans les eaux en entrée et en sortie des stations.
Cette surveillance rappelle que la problématique PFAS concerne potentiellement les deux fractions issues de l’assainissement : les boues mais également les eaux traitées.
Pourtant, la réglementation générale encadrant la réutilisation des eaux usées pour l’irrigation ne prévoit pas aujourd’hui les PFAS parmi ses paramètres minimaux de surveillance systématique. L’évaluation locale des risques peut conduire à imposer des analyses supplémentaires concernant des substances préoccupantes, mais les PFAS ne constituent pas un critère uniforme appliqué à tous les projets de réutilisation.
Il ne s’agit évidemment pas d’en conclure que la réutilisation des eaux usées traitées devrait être abandonnée.
Au contraire, cet exemple montre qu’il est possible de raisonner par analyse du risque, caractérisation du flux et adaptation de son usage, plutôt que par exclusion systématique.
Cette même logique mérite d’être appliquée aux MIATE.
Il serait difficilement cohérent de développer la réutilisation agricole d’une eau après caractérisation et maîtrise du risque, tout en considérant parallèlement que des MIATE conformes et analysées devraient être systématiquement soustraites au retour au sol.
Dans les deux cas, la question centrale devrait rester la même :
la matière ou l’eau considérée présente-t-elle réellement un niveau de contamination incompatible avec son utilisation agricole ?
Si la réponse est oui, son utilisation doit être écartée.
Si la réponse est non, détruire une ressource organique simplement parce que d’autres flux ont été contaminés reviendrait à confondre gestion du risque et suppression de la ressource.
Compostage, méthanisation ou incinération : comparer le bilan global
Le débat ne doit pas opposer systématiquement compostage, méthanisation et incinération : les boues liquides méthanisées directement en STEP, les MIATE contaminées nécessitant un traitement spécifique et les MIATE conformes aptes au retour au sol ne constituent pas le même gisement.
Pour des MIATE conformes aujourd’hui compostées, une orientation vers l’incinération signifie en revanche détruire de la matière organique actuellement recyclés par l’agriculture, puis devoir remplacer au moins une partie de cette ressource par d’autres intrants.
Dans ce cas, le compostage n’est pas une simple solution de traitement : c’est une filière de recyclage de la matière et de retour au sol.
Sources principales
• SDES – Assainissement collectif en 2023
• AIDA / INERIS – Circulaire du 27 avril 2026 relative à la recherche de PFAS dans les boues issues des stations d’épuration destinées à la valorisation agricole
• Générations Futures – Cartographie des sites industriels émetteurs de PFAS
• Préfecture des Ardennes – Suspension de l’épandage et du stockage de boues dans les zones de captage
• Ministère de l’Agriculture – Initiative « 4 pour 1000 » : stocker le carbone dans les sols
• Légifrance – Recherche des PFAS dans les eaux en entrée et en sortie des stations d’épuration
• Légifrance – Réglementation relative à la réutilisation des eaux usées traitées pour l’irrigation
• Sénat – Question écrite sur les conséquences des PFAS pour la valorisation agricole des boues d’épuration
• Sénat – Pollution aux dioxines liée à l’incinérateur de Gilly-sur-Isère
• INRAE – Valorisation agricole des effluents, boues et déchets organiques
• DREAL Grand Est / Géorisques – Inspection du site Blue Paper à Strasbourg
• Légifrance – Réglementation applicable aux émissions des installations d’incinération et de co-incinération
• Chambres d’agriculture – Valeur fertilisante des effluents d’élevage
• Institut de l’Élevage (Idele) – Guide méthodologique COMPOSIM
À propos de cet article
Publié le 4 septembre 2026.
Cette tribune exprime le point de vue de la Compostière de Montremond. Elle a été rédigée par son équipe à partir de données réglementaires, institutionnelles et techniques disponibles à la date de publication.
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